بعضي از مورخان توحيد خانه را بست دانسته اند. به نظر مي رسد كه چون عالي قاپو بست بوده، به مرور زمان بست از اين محل به سمت توحيد خانه كشانيده شده و بعد ازشاه عباس اول از اين محل به عنوان بست استفاده شده است.
در زمان شاهان صفوي، گنبد توحيد خانه والحاقات آن جزيي از مجموعه عظيم سلطنتي بوده كه در دوره هاي بعد و براي ساليان مديد (تا سال 1356) به صورت زندان از آن استفاده مي شده است. در اين سال، بنا در اختيار وزارت فرهنگ وقت قرار مي گيرد و تا سال 1363 بخشي از عمليات مرمتي در آن صورت مي پذيرد. در اين سال، بنا تحت عنوان بخشي از دانشكده پرديس اصفهان وابسته به دانشگاه هنر تهران فعال مي گردد.